Mulai tahun 2002, di Fakultas Ekonomi secara resmi berdiri Program Studi Doktor (S3) Ilmu Ekonomi. Sebelumnya telah memiliki 3 (tiga) Program Studi Magister (S2) yaitu :
| Program Studi Magister Manajemen (MM) |
(Akreditasi A) |
| Program Studi Magister Akuntansi (M.Si) |
(Akreditasi A) |
| Program Studi Magister Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan (M.Si) |
(Akreditasi A) |
Program Studi tersebut secara administratif di bawah Program Pasca Sarjana Universitas Diponegoro dan secara akademik di bawah Fakultas Ekonomi UNDIP.
