Struktur Organisasi Fakultas Ekonomi UNDIP terdiri atas beberapa unsur, meliputi Unsur Pimpinan, Unsur Senat Fakultas, Unsur Pelaksana Akademik, Unsur Penunjang dan Unsur Pelaksana Administrasi. Unsur Pimpinan Fakultas Ekonomi terdiri atas Dekan dan Pembantu Dekan.
Pimpinan Fakultas pada periode 2006 - 2010 adalah :
| Dekan | : | Dr. H.M. Chabachib MSi. Akt. |
| Pembantu Dekan I | : |
Prof. Dr. H. Arfin Sabeni, M.Com. (Hons.) Akt |
| Pembantu Dekan II |
: |
Dr. Hj. Indi Djastuti, MS |
| Pembantu Dekan III | : |
Prof. Dr. H. Purbayu Budi Santosa, MS. |
| Pembantu Dekan IV | : |
Dra. Herniwati RH.MS. |
Sedangkan Personalia Pimpinan Administrasi Fakultas Ekonomi UNDIP adalah sebagai berikut :
| Kepala Tata Usaha |
: | H. Sudarmaji, SH. M.Si |
| Ka. Subbag. Akademik | : | Drs. H. Rebun |
| Ka. Subbag. Umum & Perlengkapan | : | Drs. Agus Setyo Utomo, S.Sos, MM |
| Ka. Subbag. Keuangan& Kepegawaian |
: | Sri Hastuti, SE. |
| Ka. Subbag. Kemahasiswaan & Alumni |
: | Drs. Abdul Ra'uf Mas'al, M.Si |
